Fue en León y en la infancia donde despertó su interés por la poesía y se datan sus primeros versos. Con 18 años se traslada a México D. F. para estudiar Filosofía y Letras, que concluirá en 1947 con la defensa de su tesis doctoral. Tras dos años en la Columbia University de Nueva York, viaja por Europa y se afana en un libro de poemas de amor que no concluirá, cuyos restos arribarán en Epigramas (1961). Unido a la rebelión antisomocista, vivió de cerca la represión, de cuya violencia son fruto los poemas de Hora 0 (1960). Son años de gran tribulación personal, en los que afianza su lucha política y vive las dudas de una fuerte vocación religiosa, que culmina en 1957 con el ingreso en un monasterio trapense de Kentucky. Tras dos años, la experiencia quedaría reflejada en Gethsemani, Ky (1960) y Vida en el amor (1970). En 1961 se traslada a Antioquia, donde estudia teología y publica Salmos (1964). En 1965 se ordena sacerdote y publica Oración por Marilyn Monroe y otros poemas. Un año después sale El estrecho dudoso, donde reactualiza varios de los motivos de las más tempranas crónicas de Indias con un carácter épico y legendario. Por esos días emprende una de sus experiencias más relevantes, la comunidad contemplativa de Solentiname (1966) —al cabo destruida por el gobierno somocista (1977)— y publica Homenaje a los indios americanos (1969). Coincide con su acercamiento a la revolución cubana y la conjugación del marxismo con su fe religiosa, que se plasmará en En Cuba (1972). La tragedia del terremoto que arrasó el centro de la ciudad le llevó a escribir Oráculo sobre Managua (1973), donde clama por el fin de la dictadura, momento cumbre de su visión instrumental de la poesía al servicio de la revolución. Derrocada en 1979 por el Frente Sandinista, será nombrado ministro de Cultura, lo que le trae popularidad internacional pero incrementa su enfrentamiento con la jerarquía eclesiástica, que le suspende a divinis en 1985. Cesa como ministro en 1987. De esos años son sus poemarios Tocar el cielo (1981), Vuelos de la victoria (1984) y Quetzalcóatl (1985). Ya fuera del poder político, publicará Los ovnis de oro (México, 1988), que antecede al magno proyecto que fue Cántico cósmico (1989) con el que giraba hacia la justicia medioambiental y las teorías científicas sobre el Universo en la clave de su creencia religiosa. Telescopio en la noche oscura (1993) abre un ciclo poético más contenido y de mayor desnudez expresiva. En 1994 abandona el Frente Sandinista, con un nuevo enfrentamiento al poder que marca el último tramo de su vida, sin que altere su compromiso poético, cuyos últimos resultados han sido Versos del pluriverso (2005), Pasajero de tránsito (2007), The Origin of Species and Other Poems (2011) y Tata Vasco (2011).